La città è situata su uno sperone del Monte Ginestro, ultima propaggine dei Monti Prenestini; dalla sua elevata posizione anticamente si potevano controllare le vie naturali del fondovalle, la Labicana e la Latina. Inoltre la sella tra Colli Albani e Lepini, ad Ovest, permetteva un collegamento diretto con Anzio. Il controllo di queste numerose vie e dei commerci ad esse legate fu alla base della ricchezza e dell'importanza di Praeneste a partire dal VII sec. a.C. (ne sono testimonianza i ricchissimi corredi orientaleggianti della sua necropoli, ora conservati al museo di Villa Giulia a Roma: tombe Bernardini, Barberini, etc.).
La città occupava dunque - forse dal VII sec. a.C. - le pendici del Monte Ginestro, la cui sommità, l'attuale Castel San Pietro, ne costituiva l'acropoli. Una cinta muraria databile VII-VI sec. la circondava in unico anello; ne sono visibili vari tratti salendo la strada verso Castel San Pietro. Il lato Sud fu sostituito alla fine del II sec. a.C. da un muro in tufo che, insieme ad un altro, delimitava una strada di cui restano dei tratti. Il percorso è seguito dall'attuale via degli Arcioni, che deve il suo nome agli undici ambienti voltati conservati che ostruivano nella parte orientale la via sovrastante. Questo era il confine meridionale della città più antica; parte della zona pianeggiante antistante fu occupata già nel corso del II sec. a.C.; qui sorse la "nuova" città dei coloni sillani, dopo la Guerra Civile che portò all'eccidio nell'82 a.C. da parte di Silla delle grandi famiglie prenestine, colpevoli di aver spalleggiato Mario.
L'urbanizzazione selvaggia della città moderna, oltre ad aver causato gravi perdite, ha compromesso gravemente la lettura della topografia della città bassa: il Foro è stato identificato nell'area della chiesa di S. Maria dell'Aquila, mentre a piazza Ungheria restano costruzioni di un complesso databile al IV-III sec. a.C., con un rifacimento di fine II sec. a.C., identificato dalle iscrizioni e dal materiale rinvenuti come il Santuario di Ercole, come a Tivoli extraurbano e legato ai commerci. La ricchissima Necropoli della città si trova in zona Colombella, al cui estremo limite Sud sono i resti di una Villa Imperiale di Adriano.
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