L'origine si Stintino risale al 1885 con l'insediamento di 45 famiglie, in prevalenza legate alle attivita della pesca, provenienti dall'isola dell'Asinara. In precedenza il territorio, facente parte della Nurra di Sassari, era popolato da insediamenti sparsi di pastori-contadini, che abitavano in residende-ricoveri di bestiame denominati "li cuili".
La borgata di Stintino, gia frazione del comune di Sassari, è diventata comune autonomo il 10 Agosto 1988. Le prime elezioni per la nomina del consiglio comunale di Stintino si sono tenute nel Marzo del 1989.

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