Von Friedrich II von Schwaben in den Königlichen Staatsbesitz inkorporiert, wurde seine neune Burg unter den "castra exenta"
eingegliedert. Im Vesper-Krieg (1282) wird Milazzo abwechselnd von den zwei gegnerischen Herrschern besetz: Carlo d'Angiò
(Anjou) und Pietro d'Aragona. Von 1341 bis Anfang des XVI Jhr. von den anjou erobert, stand Milazzo, im Zusammenhang mit
den Lehnskonflikten, im Mittelpunkt vieler schwerer Kriegsgeschehen, die sizilien mit Blut bedeckten.
Während der spanischen Herrschaft nahm die Stadt an strategischer Bedeutung zu. Aus dieser Zeit stammt eine der letzten und
grossartigsten Festungen, die berühmte Burg, die noch heute zu besichtigen ist und die wiederholt Sitz des Vizekönigs und
des stadthalters Siziliens war. Das letzte Züngeln der spanischen Herrschaft erlischt 1713 als die Herrschaft Siziliens
an Vittorio Amedeo II, von Savoia übergeht. Erfolglos bleibt ein Wiedereroberungsversuch von Filippo V. von spanien, der in
der großen und blutigen Belagerung der stadt (Juli 1718 - Mai 1719) aurto-piemontesische Truppen einsetzt. Während dieser
Belagerung erleiden die geschichtlichen und monumentalen Güter erhebliche Schäden bzw. Zerstörungen. Mit dem Antritt der
Bourbonen auf dem Thron der Zwei Sizilien, bleibt der Stadt ihre militärische, strategische Rolle erhalten. Während des
napoleonischen Krieges wird sie ein englischer Stützpunkt und bewirted die Flotte und deren Besatzung. Am 20. Juli 1860
wurde Milazzo neürlich Scauplatz der bekannten und endgültingen Schlacht zwischen den Garibaldiner-Truppen und den
Truppen von Francesco II der Bourbonen. Unter dem Italienischen Königsreich verliert die Stadt ihre militärisch-strategische
Bedeutung. Während des Zweiten Weltkrieges erzitterte sie unter blutingen Bombenangriffen. Von den Engländern während der
Invasion in Sizilien als Landezone individualisiert, wird ihr gefestigter Hafen ein bedeutendes Schiff - Bahn - und
Militärzentrum.