San Giovanni Lupatoto si trova a sud di Verona e di San Martino Buon Albergo, a nord di Oppeano e di Buttapietra, a ovest di Zevio e a est ancora di Buttapietra e Verona. L'origine del toponimo "Lupatoto", è ancor oggi incerta. Per alcuni studiosi, esso deriverebbe da una pianticella detta "Lupia" per altri da "Lova", terreno ricoperto da macchie, oppure da "Lucus totus", tutto bosco. Le popolazioni residenti nella zona di San Giovanni Lupatoto e, più in generale, del Veneto, hanno origini antichissime.
Testimonianze di abitati preistorici vennero alla luce in passato a Ca' dei Fré, a sud di Raldon, dove giungevano le zone paludose del Vallese, estese al punto da costituire una delle più vaste aree palafitticole della provincia di Verona. Il territorio è per lo più pianeggiante, anche se in uno spazio relativamente limitato si trova una discreta gamma di paesaggi caratterizzati da dolci ondulazioni e pittoresche scarpate.


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